Sebagai Lembaga Kliring dan Penjaminan atau Central Counterparty yang menjalankan fungsi kliring dan penjaminan penyelesaian transaksi efek, KPEI senantiasa mengutamakan standar layanan mutu sesuai international standard. Dalam hal menyediakan layanan tersebut, KPEI senantiasa menjaga dan mengupayakan peningkatan mutu layanan secara berkesinambungan untuk menjamin kepuasan pengguna jasa.
Terkait standar layanan mutu, KPEI telah memperoleh sertifikasi ISO 9001 sejak tahun 2001 dan berhasil mempertahankannya dengan versi terbaru yakni menjadi versi ISO 9001:2015 Sistem Manajemen Mutu pada November 2017 dengan ruang lingkup Kegiatan Kliring dan Penjaminan Penyelesaian Transaksi Efek. ISO 9001 adalah sistem standar manajemen mutu yang dirancang untuk membantu perusahaan dalam memastikan, bahwa kebutuhan pelanggan dan stakeholder-nya sudah terpenuhi serta sesuai persyaratan perundang-undangan, hukum dan peraturan yang terkait dengan produk atau jasa yang dihasilkan.
Sertifikasi ISO 9001:2015 diterbitkan oleh badan sertifikasi Lloyd’s Register Indonesia dengan Certificate Identity Number: 10394969 dan Approval Number(s): ISO 9001 - 0044364.