Selain mutu dan keamanan informasi, KPEI juga menerapkan ISO 22301 untuk mengantisipasi keadaan tidak normal dan menjaga kelangsungan usaha/operasional. ISO 22301 adalah standar internasional yang menetapkan persyaratan untuk penerapan Business Continuity Management System (BCMS) atau Sistem Manajemen Kelangsungan Usaha (SMKU). Standar ini memberikan panduan bagi organisasi untuk membangun dan mengelola sistem kelangsungan bisnis, yang memungkinkan organisasi mengurangi risiko gangguan, merespon secara efektif ketika gangguan terjadi, dan pulih dengan cepat jika peristiwa serupa berulang.

ISO 22301 menetapkan persyaratan untuk mempersiapkan dan mengelola secara Sistem Manajemen Kelangsungan Usaha (SMKU) secara efektif, serta menekankan pentingnya pemahaman kebutuhan manajemen kelangsungan bisnis melalui penerapan kontrol, pemantauan efektivitas, dan perbaikan berkelanjutan berdasarkan pengukuran yang objektif.

Pada 2019, KPEI memulai proses persiapan sertifikasi ISO 22301:2012 untuk Sistem Manajemen Kelangsungan Usaha dan berhasil memperoleh sertifikasi pada Juli 2020, dengan ruang lingkup Business Continuity Management System in the Provision of Clearing and Settlement Guarantee of Securities Transaction. Kemudian, pada Juli 2021, KPEI menyelesaikan audit transisi dari ISO 22301:2012 ke ISO 22301:2019 dengan penyesuaian ruang lingkup menjadi Business Continuity Management System in the Provision of Clearing and Guarantee Services.

Sertifikasi ISO 22301:2019 diterbitkan oleh badan sertifikasi The British Standards Institution Indonesia dengan Certificate No: BCMS 724816.