Selain berfokus pada mutu layanan, KPEI juga menerapkan solusi teknologi informasi melalui Sistem Manajemen Keamanan Informasi (SMKI) yang sesuai dengan standar ISO 27001 dalam menjalankan proses kliring dan penjaminan penyelesaian transaksi efek. Penerapan SMKI sangat penting bagi KPEI, karena teknologi informasi merupakan backbone perusahaan dalam kegiatan operasional sehari-hari sekaligus untuk mengelola dan mengendalikan risiko keamanan informasi, serta menjaga kerahasiaan (confidentiality), integritas (integrity), dan ketersediaan (availability) informasi Perusahaan.

ISO 27001 adalah standar internasional untuk pengelolaan risiko keamanan informasi yang efektif serta perlindungan informasi yang dikelola oleh perusahaan. Pada April 2017, KPEI telah memperoleh sertifikasi ISO 27001 dengan ruang lingkup Fungsi Manajemen Jaringan, yang kemudian diperluas pada April 2018 menjadi The management of information security for entire scope of divisions and units in PT Kliring Penjaminan Efek Indonesia (IDClear). Pada Oktober 2024, KPEI juga berhasil meningkatan versi standar ini dari ISO 27001:2013 ke ISO 27001:2022.

Sertifikasi ISO 27001 diterbitkan oleh badan sertifikasi The British Standards Institution Indonesia dengan Certificate No: IS 663543.